Bayern es 1860 Múnich, quien fue el club más exitoso en los años 1960, conquistando una copa y un campeonato. Los suplementos nuevos fueron cancelados, cuando «los bávaros» procedieron a ganar la Copa de Alemania y la Bundesliga en 2008, estando en las posiciones delanteras en cada semana. Sus sucesores como directores técnicos, Giovanni Trapattoni y Otto Rehhagel, terminaron sin trofeos después de la temporada, no cumpliéndose las altas expectativas del club. En la temporada 1996-97 Giovanni Trapattoni regresó como director técnico volviendo a conquistar el campeonato, pero en la siguiente temporada el Bayern no consiguió el título (el campeón fue el Kaiserlautern), y Trapattoni tuvo que despedirse. Jupp Heynckes fue contratado como director técnico en 1987, pero después de ganar dos campeonatos consecutivos en 1988-89 y 1989-90, el Bayern se hundió.
Franz Beckenbauer regresó brevemente al final de la temporada de 1995-96 como técnico asistente y condujo al equipo hacia la victoria en la Copa de la UEFA 1995-96, venciendo al Girondins de Burdeos en la final. En 1992, disputó la Copa Libertadores, pasó sin problemas la primera ronda. La década de los años 1980 fue un período de confusión para el Bayern, con muchos cambios de personal y el advenimiento de los problemas financieros. El resto de la década obtuvo resultados muy variables y no aportó títulos para el Bayern. Bayern terminó cuarto en la temporada de 2006-07, así que no pudo clasificarse para la Liga de Campeones por primera vez en más de una década.
Una temporada más tarde el Bayern conquistó su cuarto doblete, dirigiendo la liga por un margen estrecho. En la Liga de Campeones de la UEFA 2008-09 el Bayern llegó a los cuartos de final. El Bayer Leverkusen eliminó al Bayern en los octavos de final de la Copa de Alemania. El reinado de Hitzfeld acabó en 2004, a causa de esto el Bayern perdió desempeño, incluyendo una derrota en la Copa de Alemania contra el Alemannia Aachen, equipo de la 2. Bundesliga. Tras un flojo campeonato de liga y una nueva derrota contra el Alemannia Aachen, el entrenador Magath fue despedido poco después de la pausa de invierno. El tercer título consecutivo de la Bundesliga lo consiguió en 2001, en la última jornada del campeonato.
«Rondón marcó hat-trick en la victoria del Rubín». La temporada de 2001-02 comenzó con una victoria en la Copa Intercontinental ante Boca Juniors de Argentina, pero acabó sin trofeo alguno. El trofeo final que ganó el Bayern, fue la Copa Intercontinental, en la cual derrotó al Cruzeiro de Brasil durante el segunda medio tiempo, mientras que perdió nuevamente la Supercopa de Europa, esta vez ante el Anderlecht. Durante la era dorada de la institución, a finales de los ochenta, aparecieron jugadores destacados como León Villa, Leonel Álvarez, Luis Carlos Perea y Gildardo Gómez. Thalía que la de otros músicos, y difiere de la original al incluir géneros como el electropop. No sería la última vez que los Knicks afectarían directamente el futuro de la franquicia. Cerca del final de la temporada 1988-89, Larry Weinberg anunció que vendía la franquicia al cofundador de Microsoft Paul Allen. La franquicia Mario se extiende fuera de los videojuegos a otros medios.
Antes de comenzar la temporada de 2005-06, el Bayern se mudó del estadio Olímpico de Múnich al nuevo Allianz Arena, la cual para entonces compartió con el club 1860 Múnich. Para la temporada de 2007-08, el Bayern de Múnich hizo cambios drásticos de la escuadra para ayudar a reforjar y reconstruir al equipo. Van Gaal logró reconducir la situación y llevar al Bayern a los octavos de final de la Liga de Campeones, donde tuvieron a la Fiorentina como su adversario. El 9 de marzo, perdieron contra Fiorentina por 3:2, pero avanzaron hacia los cuartos de final por la regla del gol de visitante. Poco más tarde, el Bayern conquistó la Liga de Campeones de la UEFA por cuarta vez después de una brecha de 25 años, derrotando al Valencia en la final en la tanda de penaltis.
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