En el transcurso de la temporada, los Philadelphia 76ers contrataron a Tyrone Hill en una operación realizada con Milwaukee. En esa temporada, Atlético Nacional fue invitado para participar de la primera edición, allí dejó en el camino al América de Cali, Santiago Wanderers y Nacional de Montevideo para llegar a la final. Disputó una vez más la Supercopa, en donde Nacional quedó eliminado en la primera fase, nuevamente a manos del São Paulo, perdió 0-2 en el Atanasio Girardot y empató a un gol en el Morumbí. El equipo ganó la primera elección en el Draft de la NBA de 1996. En esa ocasión los Sixers elegirían a Allen Iverson. El primer entrenador del equipo paisa fue Rafael Serna, quién estuvo desde julio de 1948 hasta septiembre del mismo año, siendo un período muy corto para la dirección de un equipo. El duelo de ida fue ganado por el rojo 2-1 con goles de Jorge Horacio Serna y Rafael Castillo.
En el partido de ida en Medellín, Atlético Nacional cayó goleado 0-4 con San Lorenzo de Almagro, camisetas nba 2019 el juego de vuelta finalizó 0-0 en Argentina. El juego de vuelta quedó 0-0, lo cual le dio el título a su rival de plaza. América de Cali que consiguió su título número doce en ese momento. Ese año obtiene el subcampeonato en el torneo nacional, detrás del América de Cali. El mismo año iba a participar en la Supercopa, pero fue forzado a renunciar por una sanción de la CONMEBOL tras un partido de la Copa Libertadores de ese año contra Vasco da Gama.
Ni los más optimistas del lugar podríamos imaginar que un año podrían tomar parte del campeonato más de 75 jugadores entre todas las categorías. En este año Nacional se coronó nuevamente como campeón de la Copa Merconorte, esta vez contra uno de sus rivales, Millonarios de Bogotá. Fue victoria para el verdolaga por 2-3, y se consagró campeón del certamen. El partido se mantuvo 0-0 hasta un extra tiempo prolongado al máximo, un tiro libre cobrado por Alberigo Evani al minuto 119 le dio a victoria a los europeos. Hay que mencionar también su participación en la Supercopa Sudamericana, donde llegó hasta octavos de final, siendo eliminado por el Cruzeiro de Brasil, empató 1-1 en Medellín y cayó goleado por 8-0 en el partido de vuelta en Belo Horizonte. A pesar de que Nacional había eliminado al Marítimo de Venezuela en los octavos de final, perdió en cuartos 0-1 con América de Cali en el primer partido, y luego pierde 4-2 en la vuelta.
En la parte deportiva llegó hasta octavos de final en la Supercopa Sudamericana. Luego, en 1948, con la creación del Fútbol Profesional Colombiano, Atlético Municipal jugó su primer partido profesional en el hipódromo-estadio San Fernando de Itagüí hasta 1952 cuando dejó de jugar allí. El segundo partido contra Emelec, en Guayaquil terminó también 1-1. El tercer partido del grupo, contra Deportivo Quito en el estadio Atahualpa terminó también 1-1. El 7 de marzo, en Medellín cayó 0-2 ante Millonarios. En 1995 logró el subcampeonato de la Copa Libertadores, luego de haber clasificado segundo de su grupo, atrás de Millonarios. Al final quedó primero en el Apertura, seguido de América y Millonarios.
El primer partido terminó 1-1 en Bogotá frente a Millonarios. Atlético Nacional, por ser el subcampeón de aquella Copa Libertadores, se enfrentó al Saprissa de Costa Rica, campeón de la Copa de Campeones de la CONCACAF 1995, en partido único, jugado en la casa de los ticos. «Clásico santafesino» es como habitualmente se denomina al partido del fútbol argentino que enfrenta a los dos clubes de la ciudad de Santa Fe: Colón y Unión. Fue protagonizada por Christopher Hewett como Bowser. Luego de una semifinal en compañía del Junior, América de Cali y Deportivo Cali, Nacional se perfilaba, junto a los «Diablos Rojos», como favorito al título. En 1999 Nacional alcanzó su séptimo título.